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* [https://www.bafu.admin.ch/bafu/fr/home/themes/biodiversite/publications/publications-biodiversite/menaces-et-protection-chabot.html Biologie, menaces et protection du chabot (''Cottus gobio'') en Suisse]
* [https://www.anjf.sg.ch/home/fischerei/Artenschutz/nase/_jcr_content/RightPar/downloadlist/DownloadListParTeaser/download.ocFile/Monitoring%20der%20Nase.pdf Monitoring der Nase (''Chondrostoma nasus'') in der Schweiz] (en allemand)
= Menaces =
Selon la liste actuelle d’espèces de l’ordonnance relative à la loi fédérale sur la pêche (OLFP), neuf espèces de poissons sont éteintes en Suisse. Si l’on considère la taxonomie actuelle (truites (''Salmo spp.''), corégones (''Coregonus spp.'') et ombles (''Salvelinus spp.'') chacun plusieurs espèces), ce nombre est bien plus élevé. Parmi les espèces encore présentes aujourd’hui, neuf sont menacées d’extinction. Quatorze autres sont fortement menacées. Plus une espèce est spécialisée, plus le risque est grand que ses effectifs diminuent. Peu importe que cette spécialisation intervienne au niveau de la nourriture, du lien à des substrats de ponte spécifiques ou des distances migratoires. Six des sept migrateurs à longue distance sont éteints en Suisse. Globalement, les espèces les plus fortement menacées sont celles qui vivent avant tout dans les cours d’eau.
La liste rouge est en cours d’actualisation. La nouvelle version prendra aussi en compte [https://www.petri-heil.ch/felchen-ist-nicht-gleich-felchen/ la diversité endémique des corégones] (en allemand) – désormais connue – pour laquelle la Suisse porte une responsabilité particulière.
Un grand nombre de facteurs anthropogènes ont une influence négative sur les poissons. Le déclin des effectifs suisses de truites a fait l’objet d’une étude approfondie dans le cadre d’un projet de recherche de grande envergure. Il en ressort qu’on ne peut pas attribuer ce déclin à une seule cause, mais qu’il est dû à de nombreux facteurs et à leur influence combinée. Ce qui vaut pour les truites vaut aussi pour la plupart des autres espèces de poissons. Le film diffusé par la RTS en 2017 dans le cadre de l’émission Netz Natur en fait l’impressionnante et très complète démonstration.
'''Liens'''
* [https://www.fischereiberatung.ch/news/aktuell2012/fiber_biodiv.pdf Die Biodiversität der Schweizer Fische] (en allemand)
* {{link_shop_cscf_fr}}: Fauna Helvetica, Pisces, Atlas.
* [http://www.iucnredlist.org/ IUCN Red List]
* [https://www.bafu.admin.ch/bafu/fr/home/themes/biodiversite/publications/publications-biodiversite/liste-rouge-especes-menacees-poisson-cyclostomes.html Liste rouge des espèces menacées en Suisse : poissons et cyclostomes]
* [https://www.srf.ch/play/tv/netz-natur/video/netz-natur-unsere-verwandten-im-wasser-schweizerdeutsch?id=985b184b-5b86-47bb-a8ef-ee109a6ab05e&startTime=0.977895&station=69e8ac16-4327-4af4-b873-fd5cd6e895a7 Netz Natur – Unsere Verwandten im Wasser (07.12.2017)] (en allemand)
* [https://www.srf.ch/sendungen/netz-natur/uebersicht Netz Natur – Stimme für die Fische (05.04.2018)] (en allemand)
* [http://www.fischnetz.ch/index_f.htm Réseau suisse poissons en diminution]
* [https://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/19930332/index.html#app1ahref1 Liste d’espèces selon l’OLFP (plus actuelle que la liste rouge)]
* [https://www.petri-heil.ch/felchen-ist-nicht-gleich-felchen/ Felchen ist nicht gleich Felchen] (en allemand)
== Habitats ==
La destruction des habitats est l’une des causes principales du déclin des poissons dans les cours d’eau, et en partie dans les lacs aussi. 22% des cours d’eau suisses souffrent d’une morphologie fortement perturbée ou non naturelle. En considérant uniquement les cours d’eau de plaine, qui hébergent la plus grande diversité piscicole, on atteint même 38%. Les grands fleuves, qui à l’état naturel sont des hotspots de la biodiversité, sont eux aussi, et plus que la moyenne, fortement endigués (40% au moins fortement perturbés). Les causes principales en sont l’urbanisation, l’agriculture et l’exploitation de l’énergie hydraulique.
{{Fotos-links-600px
| bilddatei = Morphologie Fliessgewaesser Quelle Strukturen Fliessgewaesser F.PNG
| text = Proportion des eaux présentant un mauvais état morphologique selon l’altitude. Voir p. 37 du rapport mentionné ci-dessous.
}}
'''Liens'''
* [https://www.bafu.admin.ch/bafu/fr/home/themes/eaux/publications/publications-eaux/ecomorphologie-cours-eau-suisses.html Ecomorphologie des cours d’eau suisses]
== Connectivité ==
La connectivité longitudinale des cours d’eau est très souvent mise à mal voire supprimée par des déversoirs, des barrages, des chutes artificielles, des collecteurs de gravier, des tronçons à débit résiduel, etc. Rien que les obstacles à la migration liés à l’exploitation de l’énergie hydraulique sont au nombre d’environ 10'000. La connectivité latérale quant à elle est interrompue à de nombreux endroits par l’endiguement des berges et l’abaissement du niveau des cours d’eau. Enfin, la connectivité verticale est réduite en premier lieu par le [https://fr.wikipedia.org/wiki/Colmatage colmatage] du fond, lui-même provoqué par une charge trop grande de sédiments fins, l’affaiblissement du régime de charriage, et une dynamique d’écoulement diminuée. Le colmatage empêche les espèces qui fraient dans le gravier d’y déposer leurs œufs, ou conduit à l’asphyxie des œufs par un approvisionnement en oxygène insuffisant. En le remplissant d’éléments fins, le colmatage provoque en outre la perte du système interstitiel du gravier. Cet espace constitue l’habitat et la zone de refuge des invertébrés du lit de la rivière. Ces invertébrés (benthos) composent l’essentiel de la nourriture des poissons.
'''Liens'''
* [https://www.bafu.admin.ch/bafu/fr/home/themes/eaux/info-specialistes/mesures-pour-la-protection-des-eaux/renaturation-des-eaux/restauration-de-la-migration-des-poissons.html OFEV : Restauration de la migration des poissons]
== Qualité de l’eau ==
Au 20ème siècle, les atteintes les plus visibles à la qualité de l’eau étaient les pollutions chroniques par les nutriments qui ont conduit au développement excessif des algues, au colmatage et à l’anoxie. L’eutrophisation des plans d’eau et l’anoxie consécutive ont eu des conséquences majeures sur le cortège d’espèces de ces lacs, notamment sur les [https://www.fischereiberatung.ch/wissen/felchen_f.pdf corégones] (''Coregonus spp.''). Pour redresser la situation, on a construit des stations d’épuration dans tout le pays. La pollution aux nutriments est ainsi revenue à un niveau plus bas dans de nombreux milieux aquatiques – grâce aussi aux mesures prises dans l’agriculture.
Les problèmes avec d’autres pollutions chimiques, avec les micropolluants issus par exemple des résidus des médicaments et des pesticides, ont à l’inverse augmenté. Ceux-ci affaiblissent directement les poissons, ce qui les rend moins résistants aux autres facteurs de stress comme les [https://fr.wikipedia.org/wiki/Saprolegnia mycoses] (''Saprolegnia parasitica'') ou la [https://www.blv.admin.ch/blv/fr/home/tiere/tierseuchen/uebersicht-seuchen/alle-tierseuchen/proliferative-nierenkrankheit-der-fische.html maladie rénale proliférative] (MRP). Les substances hormonales actives provoquent des malformations des organes sexuels des poissons. Les micropolluants leur nuisent aussi indirectement, par exemple par leur impact négatif sur les plantes aquatiques et les algues (phytobenthos) et sur la faune aquatique (macrozoobenthos), qui constituent la base alimentaire de nombreux poissons.
Des accidents impliquant du purin ou des eaux usées de chantier conduisent encore fréquemment à une mortalité aigüe des poissons. On assiste ainsi en moyenne à une hécatombe de poissons tous les trois jours en Suisse.
'''Links'''
* [https://wa21.ch/wp-content/uploads/2018/04/FA_Mueller_low.pdf Schutz und Weiterentwicklung der Gewässer] (en allemand)
<!-- Der Artikel ist aus der Zeitschrift "Aqua und Gas". Diese kostet. Der Link ist auf die Wasseragenda21. Dort habe ich den Artikel auf der französischen Webseite nicht gefunden-->
== Température / changement climatique ==
La température des cours d’eau est influencée de façon très diverse par les conditions climatiques, la nappe phréatique, le type et la taille du cours d’eau, les pompages, les rejets (p. ex. effluents de STEP et de centrales nucléaires, de pompes à chaleur, ruissellement des routes), l’exploitation de l’énergie hydraulique, et l’ombrage. La combinaison de ces facteurs conduit à une augmentation de la température de l’eau dans la plupart des eaux suisses, mais spécialement dans celles du Plateau.
Etant donné que la température de l’eau joue un rôle très important pour les poissons (voir chapitre guildes de températures), cette augmentation a des conséquences sur leur cycle de vie (développement plus rapide des œufs p. ex.) et conduit à une modification du cortège d’espèces. Elle favorise de plus certaines maladies, comme la maladie rénale proliférative (MRP) chez les truites (''Salmo spp.'').
'''Links'''
* [https://www.bafu.admin.ch/dam/bafu/de/dokumente/hydrologie/fachinfo-daten/temperaturen_in_schweizerfliessgewaessern.pdf.download.pdf/temperaturen_in_schweizerfliessgewaessern.pdf Temperaturen in Schweizer Fliessgewässern] (en allemand)
* [https://www.fischereiberatung.ch/tasks/index_FR MRP - La maladie rénale proliférative]
* [https://www.bafu.admin.ch/bafu/fr/home/themes/eaux/publications/publications-eaux/canicule-2003-consequences-eaux.html Canicule de 2003: conséquences pour les eaux (Résumé)]
== Hydrologie / dynamique de l’écoulement ==
=== Eclusées ===
Le régime d’éclusées induit par quelques centrales hydroélectriques provoque une alternance de crues et d‘étiages se succédant à une fréquence beaucoup plus élevée dans le cours d’eau. Cela entraîne une baisse des effectifs de la macrofaune benthique et de la faune piscicole, et modifie leur composition – entre autres parce que ces organismes (poissons et leurs proies) dérivent ou s’échouent. Ces derniers phénomènes ont lieu à l’état naturel mais sont amplifiés par le régime d’éclusées ([https://www.biodivers.ch/fr/index.php/Renaturation_et_revitalisation#Eclus.C3.A9es voir aussi ici]).
{{Fotos-links-600px
| bilddatei = teleossarl_gestrandeteFische_SchwallSunk_96_dpi.jpg
| text = Poissons échoués suite à une éclusée dans le Doubs.
}}
=== Débit résiduel ===
Les tronçons à débit résiduel se trouvent en aval des barrages ou des retenues lorsque l’eau est déviée pour la production d’électricité. La quantité d’eau qui reste (débit résiduel) configure l’habitat. Elle correspond très souvent à un débit d’étiage très bas, qui règne pendant la plus grande partie de l’année. Certaines espèces de poissons ne peuvent plus survivre si le débit est trop faible. La raison principale tient à la réduction générale du nombre d’habitats disponibles due au faible volume d’eau. De plus, les possibilités de [[#Comportement_migratoire|migration]] se trouvent restreintes. Les modifications du régime des températures (l’eau de vidange des lacs de barrage est plus froide que dans une situation naturelle, tandis que l’eau du débit résiduel se réchauffe fortement en été) peuvent également influencer la survie des espèces sensibles.
=== Dynamique de crues naturelle ===
Les crues sont les forces vives et naturelles d’un cours d’eau. Elles garantissent le transport des sédiments et du bois tombé à l’eau. Elles mettent aussi en mouvement le fond du lit, ce qui contrecarre la tendance au colmatage. Les poissons et les proies [[#Reproduction|lithophiles]] de l’espace interstitiel dépendent de cette dynamique. De plus, les crues et les inondations qui en découlent sont essentielles pour le maintien des zones alluviales bordant les eaux courantes et les plans d’eau. Tous les êtres vivants des zones alluviales profitent de ces inondations – notamment les poissons qui utilisent cet habitat par exemple pendant la saison de reproduction, lors de la période de hautes eaux dans les lacs et les grandes rivières. Les centrales à accumulation et les lacs à niveau régulé privent les cours d’eau situés en aval de leur dynamique, et donc de leur vitalité.
=== Liens ===
* [https://www.bafu.admin.ch/bafu/fr/home/themes/biodiversite/publications/publications-biodiversite/consequences-ecologiques-eclusees.html Conséquences écologiques des éclusées]
* [http://library.eawag.ch/eawag-publications/EAWAGnews/54F(2003).pdf La réponse des cours d’eau aux crues expérimentales] p. 31-33
== Matières solides ==
Les « matières solides » d’un cours d’eau désignent les sédiments grossiers (gravier et cailloux), le matériel fin (sable et limon) et le bois tombé à l’eau. Un régime des matières solides naturel est une pièce maîtresse de la dynamique des eaux. S’il est perturbé (p. ex par des collecteurs de graviers et de bois, l’extraction de gravier, des centrales hydroélectriques, l’élimination du bois mort lors de l’entretien du cours d’eau), la « matière modelable » du cours d’eau – qui, couplée à la dynamique d’écoulement, façonne le lit – disparaît. C’est ainsi que disparaissent ou se colmatent les bancs de gravier par exemple, indispensables à la survie de tous les poissons lithophiles.
Une augmentation artificielle du transport des sédiments fins peut, tout autant, avoir des conséquences négatives. Le nettoyage et la vidange des bassins de retenue sont synonymes de grande pollution pour les cours d’eaux situés en aval. Les plus concernés sont les macro-invertébrés, dont font partie les poissons.
'''Links'''
* [https://www.bafu.admin.ch/bafu/fr/home/themes/eaux/publications/publications-eaux/consequences-ecologiques-curages-bassins-retenue.html Conséquences écologiques des curages dans les bassins de retenue]
* {{link totholz bern fr}}
== Impacts de la pêche et de la pisciculture ==
La pêche peut influencer les populations piscicoles de plusieurs manières. D’une part, le prélèvement excessif peut réduire l’effectif au point que la population n’est plus viable. D’autre part, il peut en résulter des processus évolutifs causés par la pêche ; c’est le cas par exemple quand les poissons à croissance rapide sont capturés plus tôt que ceux à croissance lente, ce qui constitue un désavantage évolutif pour les premiers. Comme les poissons à croissance lente se reproduisent plus souvent et avec un taux de réussite plus élevé, cette pratique de pêche peut, au fil du temps, conduire à une diminution de la taille au sein de l’ensemble de la population. Ce phénomène a été prouvé pour les cabillauds de l’Atlantique Nord par exemple. Cet effet est considéré comme déterminant dans la baisse de croissance des corégones de certains lacs [27, 28]. Pour les espèces qui font l’objet d’une pêche intensive, en particulier, on soupçonne que l’évolution induite par la pêche a une grande influence sur la population piscicole.
Par ailleurs, dans le cadre de l’exploitation piscicole, on tente de soutenir par des mesures de repeuplement les effectifs des espèces très utilisées, comme la Truite atlantique (''Salmo trutta'') et les diverses espèces de corégones (''Coregonus spp.''). Cette pratique comporte également des risques, tels que la propagation de maladies ou la perte des adaptations locales. Raison pour laquelle les mesures de repeuplement pour conserver les effectifs sont de plus en plus remises en question.
De plus, les repeuplements dans des eaux qui n’abritent pas de poissons à l’origine peuvent avoir des impacts graves pour d’autres groupes d’espèces – les [https://www.biodivers.ch/fr/index.php/Libellules#Coexistence_avec_les_poissons libellules] par exemple, ou très fréquemment aussi, les [http://www.karch.ch/karch/home/amphibien-fordern/fische-und-amphibien.html amphibiens].
'''Liens'''
* [https://www.fischereiberatung.ch/newsletter/Newsletter_01_17/index_FR De la précocité des cabillauds et de la combattivité des géniteurs - ou comment la pêche peut influer sur l'évolution des populations de poissons]
* [https://www.bafu.admin.ch/bafu/fr/home/themes/biodiversite/publications/publications-biodiversite/efficacite-repeuplements-piscicoles-effectues.html Efficacité des repeuplements piscicoles effectués en Suisse]
* [https://www.fischereiberatung.ch/wissen/2015_uploads/erfolgskontrolle_besatz_1_f.pdf Série d'articles « Contrôle de l'efficacité des alevinages » ]
* [https://www.fischereiberatung.ch/news/Seminar_2018/Fischbesatz_Hefti_DE Fischbesatz in Fliessgewässern: Praxis im Wandel] (en allemand)
== Espèces invasives ==
Les espèces de poissons invasives ont été décrites en détail en 2002 (voir [https://www.bafu.admin.ch/bafu/de/home/themen/biodiversitaet/publikationen-studien/publikationen/einwanderungen-von-fischarten.html ici], en allemand). La liste la plus actuelle est celle de l’OLFP. C’est ainsi que la faune piscicole de Suisse recense officiellement 14 espèces exotiques de poissons qui sont généralement parvenues à former des populations établies. 13 espèces ont été introduites par des peuplements ciblés ou via du matériel servant au repeuplement, deux espèces du fait de la détention de poissons d’ornements.
Les espèces de poissons [https://fr.wikipedia.org/wiki/Allochtone allochtones] peuvent avoir des effets écologiques négatifs à bien des égards. Ils peuvent par exemple exercer une pression de concurrence ou de prédation sur les espèces indigènes. L’expansion de l’Epinoche (''Gasterosteus gymnurus'') provoquée par des individus non indigènes est ainsi considérée comme une raison possible de la baisse des populations de corégones dans le lac de Constance, et elle fait actuellement l’objet d’un [https://seewandel.org/ projet de recherche fouillé]. L’hybridation avec des représentants de la faune locale qui sont proches parents, et l’introduction de maladies et parasites, peuvent également faire des dégâts. Il faut s’attendre à ce que d’autres espèces allochtones de poissons arrivent dans les eaux suisses dans les années qui viennent. La situation du bassin hydrographique du Rhin est au centre de l’attention à ce sujet. La dernière immigration connue concerne les [http://www.bs.ch/dam/jcr:c9941895-32b2-4b61-b3ec-8d95b5c975d4/grundeln.pdf Gobiidés invasifs], qui sont arrivés dans le Rhin en 2011 dans la région de Bâle et se sont massivement répandus vers l’amont depuis.
'''Liens'''
* [https://www.bafu.admin.ch/bafu/de/home/themen/biodiversitaet/publikationen-studien/publikationen/einwanderungen-von-fischarten.html Einwanderung von Fischarten in die Schweiz] (en allemand)
* [https://extranet.kvu.ch/files/documentdownload/161220142623_Grundelstrategie_2016_29.11.16.pdf Schwarzmeergrundeln Schweiz] (en allemand)
* [http://www.bs.ch/dam/jcr:c9941895-32b2-4b61-b3ec-8d95b5c975d4/grundeln.pdf Merkblatt: Invasive Grundeln erobern den Rhein] (en allemand)
* [https://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/19930332/index.html Liste des espèces invasives dans l'ordonnance relative à la loi fédérale sur la pêche]
= Ce qu’on ignore encore =
