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Flechten gehören zu einer Organismengruppe, deren Vorkommen z. T. gut bekannt, deren Populationsgrössen aber relativ schlecht untersucht sind. Die [https://www.bafu.admin.ch/bafu/de/home/themen/biodiversitaet/publikationen-studien/publikationen/rote-liste-gefaehrdete-arten-baum-erdbewohnende-flechten.html Rote Liste der gefährdeten Flechtenarten der Schweiz (2002)] behandelt nur 786 bekannte baum- und erdbewohnende Flechtenarten, von denen 75% an den Lebensraum Wald gebunden sind. Für 8% der gefährdeten Flechten trägt die Schweiz eine sehr hohe internationale Verantwortung. Die Gefährdung der etwa 1‘000 Arten umfassenden Gruppen der Totholz bewohnenden und Gesteinsflechten ist nur marginal untersucht. Für sie gibt es noch keine Rote Liste für die Schweiz. Allgemein sind Habitatsveränderungen und -verlust, sowie die Luftverschmutzung die wichtigsten Gefährdungsursachen der Flechten. Die Auswirkungen der Luftverschmutzung durch erhöhte Schwefeldioxidwerte konnte in letzten Jahrzehnten stark verringert werden. Heute haben insbesondere Luftschadstoffe mit eutrophierender Wirkung wie Stickstoffverbindungen aus Massentierhaltung und Düngung von landwirtschaftlichen Flächen, sowie Kraftfahrzeugsemissionen, einen schädlichen Einfluss auf die Flechtenpopulationen.