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Schliesslich ist der Austausch zwischen Oberflächen- und Grundwasser (Tiefenvernetzung) für einen natürlichen Wasserkreislauf unerlässlich. Der Austausch verhindert einerseits das Austrocknen von Auenflächen und garantiert die Versorgung mit nährstoffarmem, kühlem Wasser aus dem Untergrund, andererseits ist das Interstitial (mit Wasser gefüllte Hohlräume im Bodensediment, Grenzraum zwischen Gewässersohle und Grundwasser) ein wichtiger Lebensraum für verschiedene Makrozoobenthos-Arten. Es gibt allerdings auch verschiedene Gewässersysteme mit nährstoffreichem Grundwasser, v. a. aus der Landwirtschaft, sowie natürlich oder Mensch bedingtes sommerliches Austrocknen der Gewässer (Beispiel Töss im Kanton Zürich). Nur wenn die verschiedenen Lebensräume in allen Dimensionen miteinander vernetzt sind, lässt sich die hohe Biodiversität von Gewässersystemen langfristig erhalten.

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