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Als Quartiere im Wald dienen oft alte Schwarzspechthöhlen oder hohle Bäume. Für kleine Arten eignen sich dazu auch Stämme mit Rissen und Spalten oder abstehender Borke (mit Öffnung nach unten). In felsigen Wäldern sind auch Felspalten und -höhlen wichtige potentielle Fledermausquartiere. Wo solche Strukturen und Kleinhabitate als Quartiere genutzt werden, sind sie vor Störungen oder gar Zerstörungen gut zu schützen und regelmässig zu kontrollieren. [https://fledermausschutz.ch/verstecke In Wäldern mit wenig Höhlenbäumen und stehendem Totholz können auch spezielle Fledermauskästen eingesetzt werden, sofern solche Bestände als potentielle Fledermauslebensräume überhaupt in Frage kommen] (siehe auch [https://www.biodivers.ch/de/index.php/W%C3%A4lder#Nistk.C3.A4sten_im_Wald Kap. ]Nistkästen im Wald]. Ast- und Totholzhaufen werden manchmal von Fledermäusen als Versteck und zum Verkriechen genutzt.
Einheimische Fledermäuse ernähren sich fast ausschliesslich von Insekten und anderen Gliederfüssern. Wälder und Waldstrukturen mit einer reichen Insektenfauna sind deshalb auch ideale Jagdlebensräume für Fledermäuse. Dazu gehören insbesondere:
Sie sind verpflichtet, für jedes NWR die genaue Fläche zu erfassen und eine Dokumentation inkl. Standortskartierung zu erstellen. Die Markierung der Reservate und die Information der Öffentlichkeit mit Orientierungstafeln ist den Kantonen freigestellt. Im Bedarfsfall sollte die entsprechende Richtlinie des Bundes ([https://www.bafu.admin.ch/bafu/de/home/themen/landschaft/publikationen-studien/publikationen/schweizer-schutzgebiete-markierungshandbuch.html «Schweizer Schutzgebiete: Markierungshandbuch»])
angewendet werden. <br />
Als Beispiel für den Ablauf der Einrichtung eines Naturwaldreservates siehe zum Beispiel [[Media:AWN GR Einrichten Naturwaldreservat.pdf|Dokument des Amtes für Wald Graubünden]].
=== Ausscheidung von [https://www.biodivers.ch/de/index.php/W%C3%A4lder#Naturschutzstrategien_im_Schweizer_Wald Sonderwaldreservaten] ===
# '''Objektbezogen, transparent, nachvollziehbar und kontrollierbar''': Pflegemassnahmen werden durch Fachleute an Ort und Stelle festgelegt. Damit wird man den kleinräumig wechselnden Verhältnissen gerecht. Der Entscheidungsprozess verläuft immer gleich. Er wird dokumentiert und damit transparent, nachvollziehbar und kontrollierbar gemacht.
# '''Wirksam''': Pflegemassnahmen führen mit hoher Wahrscheinlichkeit zum Ziel.
# '''Ziel mit verhältnismässigem Aufwand erreichbar''': Pflegemassnahmen stehen in einem angemessenen Aufwand-Nutzen-Verhältnis."
<!-- (Quelle: Fachstelle für Gebirgswaldpflege, http://www.gebirgswald.ch/de/grundsaetze.html) -->
'''Waldzertifizierung'''<br />
Zu den Labeln ist kritisch zu bemerken, dass in den einzelnen Ländern, trotz gleichem Label, unterschiedliche Anforderungen an die Holzproduktion gelten, welche oft deutlich weniger streng sind als in der Schweiz. Für eine objektive Ökobilanz müssten auch die oft sehr langen Transportdistanzen mitberücksichtigt werden.