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Die Mikrohabitate eines Gewässers mit ihren spezifischen strukturellen Eigenschaften sind die Lebensräume der Larven. Unterwasservegetation, Moospolster, Wurzelbärte und kleine Höhlungen bieten den Larven Deckung, sei es beim Ansitz auf der Jagd oder als Schutz vor Feinden, zudem bilden sie Substrate für die Eiablage. Gewisse Arten sind auf einen bestimmten Substrattyp im Gewässer angewiesen: die Kleine Moosjungfer (''Leucorrhinia dubia'') z.B. auf torfigen Untergrund und Torfmoose, die Zweigestreifte Gestreifte Quelljungfer (''Cordulegaster bidentata'') auf Stellen mit feinkörnigen Kalksinterplättchen, Schlamm und Laubdetritus, die Helm-Azurjungfer (''Coenagrion mercuriale'') auf das Spross-, Blatt- und Wurzelgeflecht von Wasserpflanzen. Strukturelemente wie Totholz, Steine und Wurzelgeflechte machen ein Gewässer vielfältiger, dies nicht nur für Libellen, sondern auch für viele weitere Tierarten – auch Beutetiere von Libellenlarven.